周占春兩度裁定無保釋放後發生換法官事件。
阿扁從起訴前就羈押了一個月，後來陸續用各種光怪陸離的理由羈押了兩年，比方說對社會具有影響力，這也算理由。
2010/11/5，二次金改案一審判扁無罪，馬總統隨即於11/7宣布司法不能悖離人民合理期待，總統府發言人則批評判決書觀點與中華民國憲政實務、人民期待落差甚大。
承上，馬總統於11/9宴請行政、立法及司法院正副院長、秘書長，法務部長曾勇夫、檢察總長黃世銘也出席宴會，馬表示，不能漠視人民對部分法官做出違背人民合理期待判決的失望與憤怒，並指台北地院對二次金改案的無罪判決，引發外界極大震撼與批評，顯示司法改革需加速進行，才能重振人民對司法的信心。馬還親自宣布特偵組將對二次金改案提出上訴。
承上，兩天後（2010/11/11）龍潭案馬上就被最高法院罕見地分割處理、部分自為有罪判決了。該判決對「職務上行為」之定義捨棄一貫見解，改採實質影響力說，卻未行言詞辯論。參考連結：台灣憲政的危機---洪英花法官主講第三階段重點摘要
二次金改案亦遭最高法院罕見地以自為判決的方式、改採實質影響力說判決有罪定讞。
針對阿扁是否保外就醫，2012/8/22馬總統表示不能下令做「違法的事」、2012/8/27馬表示保外就醫「等於說就是放了」、2012/8/31馬則表示勿逼政府就範。
美國聯邦參議員穆考斯基當面向馬總統提及阿扁保外就醫問題，依她會後轉述，馬當場重申給予阿扁保外就醫是不可能的。
2008年，檢察官集體發誓年底辦不出來就下台。
司法節時，當時正在偵辦扁案的檢察官親自編劇嘲弄陳水扁上手銬。
承上，王清峰去看了哈哈大笑，並認為沒有不妥。
二次金改案，元大杜麗萍在法庭上表示，特偵組要求她不能說元大給扁家的兩億是政治獻金，並要求她說扁知情，否則要羈押。
承上，特偵組檢察官越方如當庭「提醒」杜麗萍：「不要再講了，有媒體在」。
扁於2008/11/12早晨約6時遭當庭羈押，當時還未起訴，11/12當天越方如即刻前往日本找辜仲諒回台「面對司法」。參考連結：【影片】「司法正義與人權-從扁案談起」新書發表會（6）
律師陳明、金延華出庭證稱，辜仲諒希望返台後不被羈押，且案件由特偵組偵辦對他較友善，才請他們做不實陳報狀，並依特偵組意見，改稱紅火獲利三億元多數用於沖銷先前送進扁家的現金缺口。
承上，此案特偵組自己查自己，當然查無實證（無誤），就簽結了。
龍潭案在偵訊時，李界木遭威脅大家共識大家一起死、不要跟我賭你一定判無期... 等語，辜仲諒則被告知不要變成不一致、不能幫倒忙，就破掉了... 等語。 參考影片：特偵組偵訊光碟
參考連結：特偵組串證套供偵訊光碟內容
參考連結：第二批特偵組疑似違法偵訊光碟記者會
部分偵訊影音缺漏或難以辨識。
偵訊李界木時隱藏對李界木有利的公文。 參考連結：阿扁總統與李界木、蔡銘哲對質審判筆錄 2009年4月16日
媒體對偵辦方向未卜先知，卻從來沒有人去查到底誰在洩漏案情進展。
扁律師鄭文龍因代扁發表聲明，兩度遭移送懲戒，移送後，分別由台北律師公會與律師懲戒委員會決議不予懲戒，時任法務部長王清峰則對律師公會的決定表示遺憾。
主張換法官違憲的法官洪英花被除去庭長職務，之後又被除去審判長職務。
二次金改案一審判扁無罪的法官周占春被起訴。
臺大醫院愛滋器捐案中，柯文哲醫師獲醫懲會不懲處，但發起阿扁保外就醫連署的他，仍被監察院彈劾，並被公懲會降兩級改敘，此外，柯還被羅織貪污指控。
阿扁三歲的孫女收到傳票，上面還寫「...認有請 台端來署說明之必要」。
阿扁於看守所監禁期間絕食抗議，遭處罰禁止放風、禁止電話懇親等。
特偵組前往通訊受完整監視的扁牢房搜索機密文件，結果當然什麼機密文件都沒有。
王清峰親上電視節目談個案。
以偽證罪逼迫相關證人就範。
高檢署查黑中心檢察官認定國務機要費中的機密費可以領據核銷，但特偵組起訴阿扁時，卻認定不可以領據核銷，且做此兩相反認定的檢察官有重覆。參考影片：《1400新台灣加油》2013.03.15_1400_02a
依主計處95年報告，領據可作為國務機要費、特別費之原始憑證，蔡守訓在判馬無罪時亦承認此一見解，但蔡在判扁無期徒刑時則否定該主計處報告，並認定領據不可作為國務機要費之原始憑證。參考影片：《1400新台灣加油》2013.03.15_1400_02a
龍潭案中，所有證人都作證阿扁跟錢一點關係都沒有，亦無證據顯示阿扁知道錢的處理，另外，馬永成說吳淑珍向企業界募款的事情，阿扁不可能全部不知道，此語竟不合邏輯地被當作扁知道珍收辜家款項的證明，且馬永成亦表示此語僅是其推測。參考影片：陳水扁的官司-新台灣加油-2013.02.14
特偵組於2008/5/20政權交接當天，即通知海關等單位於扁有出境計畫時應通報。參考影片：陳水扁的官司-新台灣加油-2013.02.14
特偵組於逮捕通知書中，認為阿扁不會逃亡，但扁仍因有逃亡之虞等理由而遭長期羈押。參考影片：陳水扁的官司-新台灣加油-2013.02.14
特偵組以葉菊蘭供稱扁未捐款500萬給新故鄉文教基金會，作為聲押理由之一，實則扁確有捐款500萬，只是收受者為鄭南榕基金會，且葉亦如此供稱。參考影片：陳水扁的官司-新台灣加油-2013.02.14
2012/9/14扁在署立桃園醫院檢查後，北監與法務部隨即表示檢查結果證實沒有中風，但針對同一次檢查，2012/9/15報載北監表示「在醫學上這應該屬於腦中風的一部分」。
阿扁札記遭北監以無助教化等理由阻擋發表。
阿扁於2012/8/6將欲投稿至壹週刊的文章「一位前總統之死」交給北監後，於2012/8/9遭北監以太過「聳動」為由告知審查未過，北監則於2012/8/9表示扁提過要寫一篇名為「一位總統之死」的稿子，但根本還沒寫出來。
一般北監收容人每天可上工活動約八小時，阿扁僅在天候允許時有每週五天各30分鐘（後改為60分鐘）的放風，造成阿扁實質被關禁閉。
一般北監收容人可在桌上用餐，扁則在地上用餐一千三百日後才初次在桌上用餐。參考連結：陳前總統辦公室新聞稿 2012.08.09
北監要求扁醫療小組簽切結書，同意不得紀錄病歷、不得以其診斷結果作為提出保外就醫之依據，北監亦阻撓扁醫療小組與署桃共同會診，此外，北監在自費延醫申請表中，要求扁必須檢附「衛生局報備支援看診文件」，因此北監只要不替扁發公文，即可實質禁止自費延醫。
參考連結：痛批粉飾太平 說扁沒病 柯文哲：法部看得懂英文病例？
北監對署桃亦隱匿阿扁病情、病歷。參考影片：120918-01笨湖NEWS 214 夭壽骨!曾勇夫灌水差點灌死阿扁?
在扁與扁家人強烈反對下，北監強制將扁轉診至台北榮民總醫院戒護就醫，並謊稱此決定乃是因為（一）遭馬偕拒絕、（二）遭亞東醫院以「小栓子偵測檢查」儀器故障為由拒絕、（三）遭林口長庚以院內無「小栓子偵測檢查」儀器為由拒絕、（四）高雄長庚榮譽副院長陳順勝建議轉送北榮、（五）署桃副院長徐錦池建議轉送北榮，實則馬偕從未接獲北監諮詢、亞東從未拒絕扁入院、林口長庚有「小栓子偵測檢查」儀器、陳順勝與徐錦池從未建議扁轉診至北榮。後來，北監改稱其所謂徵詢馬偕意願，乃是徵詢某位曾在馬偕工作的署桃醫師。參考連結：北監說法兜不攏 扁送北榮羅生門
參考連結：拒阿扁轉診？醫學中心紛自清 北監「人球」說法遭疑
參考連結：將扁強轉北榮 陳其邁：北監、法務部說謊！
參考連結：扁轉院曾徵詢馬偕？北監出包
參考連結：能不來就別來？ 北監：扁轉院徵詢 到處碰壁
在北榮完整檢查報告出爐前，北監即已宣布扁不符合保外就醫條件。參考連結：北監：扁不符保外就醫 不會轉高醫
即使是對扁家屬與已獲同意加入醫療小組之親綠醫師，台北榮總之檢查結果亦相對不透明。參考連結：郭長豐醫師臉書
參考連結：郭長豐醫師臉書
參考連結：柯文哲批北監 手段過於粗魯
參考連結：陳水扁辦公室新聞稿 2012.10.01
北監阻擾北榮醫師看阿扁。參考連結：郭正典臉書 2012/10/8
參考連結：郭正典臉書 2012/10/10
參考連結：郭正典臉書 2012/12/7
參考連結：郭正典臉書 2013/1/17
參考連結：陳昭姿臉書 2013/1/25
參考連結：陳昭姿臉書 2013/1/25
扁在北榮戒護就醫期間，主治醫師周元華主任安排扁和他的孫子在精神科病房外面的小庭院裡互動，作為治療阿扁憂鬱症的一個重要方法，但北監卻不准。參考連結：郭正典臉書
醫師在北榮為扁看診時，北監錄音、錄影並做筆記。參考連結：路坎坷如迷宮但是天總是攏會光
參考連結：郭正典臉書
北監洩漏陳致中談話錄音逐字稿給特定媒體。參考影片：為什麼北監將陳致中錄音逐字搞外流至特定媒體?
法務部開設阿扁專區，上演楚門的世界。
法務部於2012/9/15表示依署桃之回報，扁腦梗塞部分無需進一步檢查，但署桃副院長徐錦池於2012/9/17表示「...可是在神經科還有精神科方面，事實上他必須進一步做檢查」。
立委賴士葆指法務部長曾勇夫下令為陳水扁灌水（許多報導指灌水量約2000cc），再監視扁有無上廁所，等發現扁確實無法排尿，再將扁送醫。此事雖獲法務部長等涉嫌人澄清，卻未獲任何機關調查。
法務部將醫療人員所做檢查駁斥為「不代表真實的狀況」、並佯稱監察院公佈的阿扁就醫影片內容是扁民間醫療小組所做之檢查。參考連結：郭正典醫師臉書 2013/2/25
雖然主治醫師、北榮院長認為對扁病情最好的環境是回家，馬政府仍拒絕讓扁回家或保外就醫。參考連結：北榮：扁有重鬱 回家對病情最好
參考連結：讓扁回家？ 法部︰受刑人無權選醫療處所
參考連結：扁憂鬱症 榮總：理論上返家會好轉
對於是否同意外籍人權工作者探扁，法務部立場反覆。參考影片：20120924管碧玲痛批法務部政治干預陳水扁就醫事宜且說謊
精神科醫師陳喬琪於2012年5、6月間即已發表聲明認為扁罹患重鬱症，卻遭到法務部嚴詞否認。參考連結：黃越綏臉書
阿扁於2013/4/18自殺未遂，但法務部2013/4/19仍在未事先通知家屬與北榮主治醫師的情況下，違反北榮醫囑將扁送往台中監獄。參考連結：陳前總統住院過程簡報與出院建議
參考連結：陳致中臉書
承上，法務部謊稱扁2013/4/18未自殺、台中監獄附設培德醫院有精神科。參考連結：移監培德前 扁自殺獲救
參考連結：扁移培德前傳自殺 矯正署否認
參考連結：陳致中臉書
參考影片：郭正典專訪
承上，阿扁並非住在培德醫院的住院區，且在沒有辦入院手續、沒有主治醫師、沒有病歷號碼、沒有開藥的情況下，於2013/4/23辦入監手續，北榮原先預計進行的手術亦無限期延宕。參考連結：陳致中臉書
參考連結：陳致中臉書
承上，阿扁自殺未遂後，北榮郭正典醫師因對外表示阿扁脖子有紅色勒痕，而被禁止探視扁。參考連結：陳昭姿臉書
承上，法務部提供虛假照片，謊稱為阿扁居住的培德專區。參考連結：陳致中臉書
法務部未經扁或扁家人同意，公布扁走路影帶，並以不實結論誤導國人。參考連結：陳總統辦公室新聞稿 2013.04.22
為了佯稱移監台中監獄符合北榮醫囑，阿扁的藥袋上竟出現「居家療養科」，但沒有處方醫師姓名，亦無負責藥師的姓名。參考連結：陳昭姿臉書
法務部謊報扁輕生原因。參考連結：陳昭姿臉書
忽視北榮、中榮建議居家療養，法務部以扁「作息規律、飲食正常、親友接見頻繁」拒絕扁保外就醫。參考連結：快訊／法務部長羅瑩雪：陳水扁飲食正常，不符保外就醫！
扁於2014/6/10，以2014/5/15台中榮總診斷書申請保外就醫，法務部先拖延該申請，後稱診斷證明已是半年前開立，若欲再聲請應重新醫療鑑定。參考連結：焦點評論：司法人權 不是放扁了事（林鈺雄）
有一次開庭時，阿扁身體不適，蔡守訓的處理是不必檢查，直接還押。
長期的羈押造成阿扁在準備攻防上，比起特偵組處於劣勢。
立法院修改卸任正副總統禮遇條例，以溯及既往之方式取消扁的禮遇金。
陳致中為國務機要費案之被告，有不自證己罪之權利，本無成立偽證罪之可能，但特偵組將偽證罪分割起訴，使陳致中成為證人，最高法院並判陳偽證罪定讞，同時，最高院亦以尚未確定的他案作為陳致中偽證案之認定基礎，等同宣示他案必以有罪為終。
除違背法定法官原則外，換法官的過程亦未遵守台北地院分案要點，該要點規定換法官需有超過半數庭長出席，其中超過半數同意才可以換法官，台北地院有18個庭，故最少需10名庭長出席、6人同意才能換法官，然而扁案只找了5位庭長開會就換好法官了。
許水德說，法院是____開的，我完全相信。
其他參考連結：
曹長青評論－－阿扁總統，只剩一個代號
陳前總統法庭外答辯文
2009年龍潭案對質審判筆錄
(Edited from an article on ptt.)
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